Em 1910, por Decreto de 8 de Outubro, foram extintas a Companhia de Jesus e as demais companhias, congregações religiosas, conventos, colégios, associações, missões ou outras casas de religiosos passando os seus bens, móveis e imóveis, para a posse do Estado.
Ainda no mês de Outubro, o ministro da Justiça, Dr. Afonso Costa, cedeu ao asilo de orfãos "Vintém Preventivo" as casas religiosas situadas na rua do Quelhas e na Calçada da Estrela (Francesinhas) frente ao Palácio das Cortes, para instalar dois asilos, um para meninas e outro para meninos pobres, em particular filhos de revolucionários mortos ou prejudicados na revolução de 5 de Outubro. A casa da Calçada Estrela foi posteriormente cedida ao Instituto Industrial, pelo Dr. Brito Camacho, ministro do Fomento. O "Vintém Preventivo" passou para o Convento das Trinas.
Mais tarde o Dr. Afonso Costa e o Sr. Manuel Borges Grainha, vogal da Comissão Jurisdicional dos Bens das Extintas Congregações Religiosas, encarregado pelo ministro de coleccionar e estudar os documentos deixados nas casas dos Jesuítas e de outras congregações, em visita feita ao Colégio de Campolide e à residência do Quelhas, encontrou reunidos diversos objectos e documentos que deviam ser conservados num museu. Por acordo com o director do "Vintém Preventivo", Dr. Guilherme de Sousa, foi decidido ceder-lhe o Convento das Trinas e o Colégio das Doroteias na Rua do Quelhas 6 A, ficando a residência dos Jesuítas na Rua do Quelhas n.º 6, destinada ao Museu dos Jesuítas e da Revolução.
Em 1911, a 8 de Setembro, este acordo recebeu aprovação unânime da Comissão Jurisdicional dos Bens das Extintas Congregações Religiosas. Desde Junho desse ano, entraram várias remessas de livros, manuscritos e objectos, estátuas, retábulos, quadros, móveis do Colégio de Campolide e de outras casas congreganistas, acondicionados em "embrulhos, caixotes, malas, cestos, transportados em carroças", para o edifício da rua do Quelhas n.º 6, ficando à guarda do vogal da Comissão.
O Museu dos Jesuítas e da Revolução partilhou as instalações até ao final de 1912 com o asilo masculino do "Vintém Preventivo. O museu contou ainda com o espaço da biblioteca e da igreja da antiga residência dos Jesuítas. Desta forma se procurou evitar a dispersão do espólio das instituições extintas com o objectivo de promover a educação popular, concretizados na organização do museu e da biblioteca, e promover a "história completa, exacta e documentada" da actividade das congregações e da sua influência em Portugal. Estes princípios figuraram no relatório elaborado pelo Dr. Júlio Dantas, que antecedeu o Decreto n.º 3410 de 28 de Setembro de 1917.
Em 1912, a 29 de Novembro, foi feito o contrato de arrendamento entre o ministro do Comércio e a Comissão das Congregações.
Em 1913, em 11 de Outubro, o edifício do extinto Convento do Quelhas, situado na rua do Quelhas n.º 6 A, mediante contrato de arrendamento feito entre o Ministério do Fomento e o Ministério da Justiça, foi cedido ao Instituo Superior do Comércio. Na igreja do Convento encontravam-se móveism, artigos religiosos e outros. A igreja foi destinada a Museu Comercial de Estudo.
Em 1917, no mês de Junho, após visita às instalações, Júlio Dantas, inspector da Bibliotecas e Arquivos, propôs que o "Arquivo das Congregações" fosse entregue à Torre do Tombo.
Em 1917, a 28 de Setembro, pelo Decreto n.º 3410, da Secretaria Geral do Ministério da Instrução Pública, foi criado o Arquivo das Congregações nos termos das alíneas 13 e 14 do artigo 6.º do Decreto de 24 de Dezembro de 1901, e do n.º 8 do artigo 27.º do Decreto, com força de Lei, de 18 de Março de 1911, com a preocupação de evitar perda e dispersão de documentos, como já tinha acontecido em 1759, por ocasião da expulsão dos Jesuítas e em 1834, ao serem extintas as ordens religiosas. Foi instalado na casa congreganista na rua do Quelhas, n.º 6, aguardando instalações mais amplas. Ficou subordinado ao Ministério da Instrução Pública através da Inspecção das Bibliotecas Eruditas e Arquivos, tendo por missão recolher, organizar e inventariar a documentação das Congregações religiosas existentes em Portugal à data da proclamação da República, os institutos religiosos seculares de votos simples, mas públicos, perpétuos ou temporários, que exerciam a sua actividade em missões, no ensino, em obras de caridade e na regeneração, criados com o liberalismo, no séc. XIX, após a extinção das ordens religiosas: jesuítas, doroteias, franciscanos, franciscanas (Trinas missionárias de Maria), dominicanos, dominicanas (1.ª e 3.ª ordem), padres das missões, do Espírito Santo (lazaristas ou padres de São Vicente de Paula), irmãs de caridade, irmão de São José de Cluny, salesianos, salésias, beneditinos, hospitalários de São João de Deus, padres redentoristas, missionários filhos do Sagrado Coração de Maria, ursulinas, carmelitas, irmãs do Bom Pastor, irmãzinhas dos pobres, irmãs do Sagrado Coração de Maria (Sacré Coeur) congregação de Santa Teresa de Jesus, oblatas do Menino Jesus, irmãs da Imaculada Conceição, congregação de Jesus Maria José, e freiras servitas.
Pelo artigo 3.º do referido Decreto as colecções deveriam ser organizadas em três secções independentes: museu, arquivo e biblioteca. A secção do Arquivo, de acordo com o parágrafo segundo, seria organizada em documentos estatuais (estatutos, constituições, regras, diplomas pontifícios, provisões episcopais) estatísticas (catálogos dos congreganistas, número de casas das várias ordens, população dos colégios) administrativos (livros de administração, contas, receita e despesa), associativos (associações de filhas de Maria, Apostolado da Oração, congregações de alunos externos, etc.), políticos (cartas e outros documentos relativos à intervenção de elementos congreganistas na política interna e externa), jurisdicionais (processos e demandas relativos a bens de congregação, etc.), pedagógicos (selecção do professorado, orientação pedagógica, composição de futuros professores), didácticos (sistema de ensino nos colégios congreganistas, composições de estudantes e colegiais) educativos (processos de educação, regulamentares, primeiras comunhões, etc.), missionarísticos (missões na metrópole e colónias, método, resultados) e epistolares.
Em 1918, pela lei de 8 de Maio o Arquivoda Congregações foi anexado ao Arquivo Nacional da Torre do Tombo
Em 1921, por carta do director de Arquivo das Congregações, Manuel Borges Grainha, dirigida ao Presidente Jurisdicional dos Bens das Congregações Religiosas, estavam totalmente separadas a três secções, museu, arquivo e biblioteca.
Em 1930, por Decreto n.º 18 769, de 16 de Agosto, os documentos manuscritos com valor histórico, os móveis e livros considerados "adequados" foram mandados recolher no Arquivo Nacional da Torre do Tombo, ao qual ficavam a pertencer definitivamente.
