A Mitra representa o conjunto de bens patrimoniais que estavam destinados ao sustento e provisão do bispo.
Em 1393, foi elevada à dignidade de Sé Arquiespiscopal, pela bula "In eminentissimae dignitatis" de Bonifácio IX, sendo seu primeiro arcebispo D. João Anes (1394-1402), e tendo como sufragâneas as sés de Évora, Guarda, Lamego e Silves. No entanto, as referências à administração de uma diocese remonta ao século IV, tendo sido ordenados bispos, nos séculos subsequentes e participado em vários concílios. Além do símbolo que a mitra representava cobrindo a cabeça do bispo tornando-o sucessor legítimo dos Apóstolos também era usada por outros prelados (arcebispo, cardeal, etc.).
Cerca de 1554, o arcebispo D. Fernando de Vasconcelos (1540-1564) mandou comprar a velha quinta de Pero Viegas, para construir um grande palácio (onde fixou residência) mesmo ao lado da igreja fundada no século XIII, em Santo Antão do Tojal, que pertencia à Mitra de Lisboa. Santo Antão do Tojal, foi um priorado da Mitra de Lisboa. Em 1730, os dois edifícios sofreram obras de reconstrução.
Depois do terramoto de 1755, a propriedade da Junqueira, foi vendida ao Patriarcado de Lisboa, tendo servido de residência de verão aos arcebispos, e posteriormente, aos patriarcas.
No século XVIII, o cardeal Patriarca, D. Tomás de Almeida encarregou o arquitecto, António Canaveri, italiano, de proceder a obras de reconstrução no referido Palácio da Mitra, que também era conhecido por Palácio dos Arcebispos, situado na Junqueira, tendo trabalhado nesse projecto até 1732.
A Mitra Patriarcal de Lisboa estava sujeita ao cardeal patriarca de Lisboa sendo presidida pelo seu vigário geral. Tinha a sua própria jurisdição, estava instalada no Paço da Mitra, na Junqueira, em Lisboa. Embora o governo da diocese estivesse a cargo do bispo, este contava com a colaboração da Cúria Diocesana, constituída por organismos e pessoas que prestavam serviço nas áreas da acção pastoral, na administração da diocese e do património do bispo, e no exercício do poder judicial, tal como na actualidade.
Pela Cúria, ou Tribunal eclesiástico das dioceses, passavam diversos registos probatórios, nomeadamente tombos de bens, escrituras de posse de bens de raiz ou imóveis, de venda, de compra, sentenças, testamentos doando legados pios a igrejas, conventos, entre outros documentos, mandados lavrar e conservar.
O Patriarcado abrangia as dioceses de Setúbal, Santarém e a prelazia de Tomar, entre outros.
Em 1809, por determinação do Patriarca, a mobília, o cartório e a livraria que estavam no Palácio da Junqueira, foram transportados para o Palácio da Mitra, situado em Marvila. E no mesmo ano, também foram transportados os móveis do Palácio do Tojal para o Palácio de Marvila.
Em 1821, continuaram as mudanças dos bens móveis do Palácio da Junqueira para o Palácio de Marvila que pertencia à Mitra.
Em 1824, em Dezembro, as instalações do Tribunal da Relação e Cúria Patriarcal foram transferidas para o Palácio do Rebelo, em São Mamede.
Em 1828, foram executadas obras no Palácio de Marvila como atestam os documentos pertencentes a este fundo e guardados na Torre do Tombo.
Em 1834, por Decreto de 4 de Fevereiro, D. Pedro IV, extinguiu a Santa Igreja Patriarcal de Lisboa, tendo em conta o relatório da Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça, e restituiu à Basílica de Santa Maria Maior a categoria de Sé Arquiepiscopal Metropolitana da Província da Estremadura. Pelo art.º 5.º do mesmo decreto ficaram cometidos ao Cardeal Patriarca de Lisboa o usufruto das quintas e outros prédios anexos à Mitra de Lisboa, antes da fundação da extinta Patriarcal.
Em 1834, a 3 de Junho, a Mitra tomou posse do Mosteiro de São Vicente de Fora, desocupado pelos Cónegos Regulares de Santo Agostinho que regressaram ao Convento de Mafra.
No ano seguinte, entre 27 de Maio e 8 de Julho, foi transportado o recheio do Palácio da Junqueira para o Mosteiro de São Vicente de Fora.
Em 1853, por Decreto de 22 de Agosto do mesmo ano, foi extinto o Seminário e Colégio de Nossa Senhora da Conceição para Clérigos Pobres, tendo sido os seus bens incorporados no Seminário Patriarcal.
No século XIX, o Palácio dos Arcebispos foi comprado por Manuel da Fonseca, que por sua vez o vendeu a outros proprietários, tendo sido adquirido em finais do mesmo século por Henry Burnay (1838-1909), 1.º conde de Burnay, cujo título lhe foi concedido por D. Luís, a 7 de Agosto de 1886.
