O Mosteiro de Santa Maria de Vila Nova de Muía era masculino, situava-se no concelho de Ponte da Barca, tendo pertencido ao julgado da Nóbrega. Era da jurisdição do arcebispo de Braga, pertencia aos Cónegos Regulares de Santo Agostinho, até ser unido à Congregação de Santa Cruz de Coimbra.
Fundado por Rodrigo Fafez de Lanhoso, um dos ricos-homens de D. Afonso VI de Leão, ainda companheiro de guerra do conde D. Henrique, fez doação do couto ao Mosteiro em 1103. O segundo prior deste Mosteiro foi um dos primeiros cónegos do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, D. Soeiro Gil, um dos 72 discípulos do padre S. Teotónio.
A carta de couto foi dada por D. Afonso Henriques, sendo a data crítica de [1140-1141, Fevereiro, 1-5]. Os moradores do couto receberam isenção do pagamento do foro real e os seus privilégios e liberdades foram mandados guardar por cartas de D. Afonso, conde de Bolonha, datadas de 20 de Janeiro e 1 de Dezembro de 1226. Por sentença de D. Afonso IV, dada a favor do Mosteiro, foi reconhecido o privilégio de nele haver juiz e mordomo. A jurisdição civil do couto foi disputada por Gil Afonso de Magalhães, fidalgo, e a instâncias do prior do Mosteiro, D. João I mandou coutar o couto como o tinha sido anteriormente e guardar os seus privilégios, em 5 de Outubro de 1398. Colocou o Mosteiro, bens e caseiros, sob sua protecção, sob pena de encoutos para os infractores, por carta datada de 11 de Janeiro de 1404. O ambiente de agressões e de desrespeito de autoridade e jurisdição obrigaram a que os privilégios, liberdades, graças e mercês concedidas fossem confirmados por D. Duarte, em 30 de Novembro de 1433, e por D. Afonso V, em 30 de Julho de 1444 e em 4 de Agosto de 1449, em Torre Vedras, confirmando-lhe as graças, privilégios e liberdades outorgados pelos reis antecessores e de que o Mosteiro gozara até à morte de D. Duarte e com novas ameaças de encoutos, em 12 de Janeiro de 1450. Em 22 de Agosto de 1452, o juíz e o meirinho da terra de Nóbrega foram sentenciados pelo ouvidor da comarca de Entre-Douro-e-Minho, por abuso de poder. Em 1497, em Évora, a 28 de Abril, D. Manuel confirmou-lhe todas honras, privilégios, e liberdades, as graças, e mercês de que gozara até ao rei D. João II.
Foram comendatários do Mosteiro D. Pedro de Melo, desde 1498, Pero da Cunha desde 1557, o Dr. António Martins, desde 1586 até à sua morte, que o requereu para si em Roma, na qualidade de agente de D. João III na Cúria, e D. Gaspar dos Reis, por cerca de três anos.
Abrangido pelo Concerto feito entre o rei e o geral da Congregação de Santa Cruz de Coimbra, com o Beneplácito da Santa Sé Apostólica, assinado em Lisboa, a 15 de Janeiro de 1578, ficou obrigado ao pagamento de 60 mil réis a entregar ao rei.
Em 1582, os Mosteiros de São Pedro de Folques, de São Martinho de Caramos, de São Simão da Junqueira, de Santo Estevão de Vilela, de Santa Maria de Vila Nova de Muía, do Salvador de Paderne, de Santa Maria de Vila Boa do Bispo, de Santa Maria de Oliveira e de São Miguel de Vilarinho, pertencentes ao padroado real, foram abrangidos pelo "Contrato dos mosteiros novos", assinado entre o rei e o prior geral da Congregação de Santa Cruz, pelo qual o rei os largava à Congregação recebendo, em contrapartida, uma pensão régia, paga a partir das rendas das respectivas mesas priorais.
Em 1594, pela bula "Pro apostolicae servitutis" do papa Clemente VIII, de 19 de Maio, no 3.º ano do seu pontificado, passada a instância do rei D. Felipe, os mosteiros foram unidos à Congregação de Santa Cruz de Coimbra, sendo-lhes confirmados todos os privilégios, graças e indulgências que lhes tinham sido dados e concedendo-lhes os outorgados ao Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, quer pelos papas, seus antecessores, quer os de que gozava de outras religiões (ordens) por comunicação e autoridade apostólica. O arcebispo de Braga foi nomeado juíz executor e conservador apostólico da bula de união. Em 1595, em 2 de Fevereiro, o prior geral, D. Cristóvão de Cristo, tomou posse do Mosteiro de Santa Maria de Vila Nova de Muía, na presença do notário apostólico Diogo Coutinho.
O primeiro prior trienal eleito foi o padre D. Agostinho de São Domingos, cónego e mestre de teologia de Santa Cruz, vindo do Mosteiro de Grijó, sendo prior geral D. Cristóvão de Cristo.
Teve priores trienais até ao ano de 1609, quando o Capítulo Geral decidiu que passava a ter presidente, sendo o primeiro o padre D. Marcos, eleito em 13 de Outubro desse ano.
A igreja de Germil, situada na terra de Nóbrega, era padroado do Mosteiro. No séc. XV, não tinha igreja anexa.
Em 1612, o Capítulo Geral de 17 de Maio, uniu os Mosteiros de Santa Maria de Vila Nova de Muía e de São Martinho de Crasto ao de Refóios de Lima, por 9 anos, no âmbito da faculdade dada pela bula de Clemente VIII, de 16 de Junho de 1601 e por mais três anos, por decisão do Capítulo Geral de 1621.
Em 1630, situado em lugar pouco habitado e quase sem religiosos, o Capítulo Geral, realizado a 27 de Abril, mandou unir o Mosteiro de Santa Maria de Vila Nova de Muía ao novo Mosteiro de São Teotónio de Viana, transferindo religiosos, bens, ornamentos e paramentos, e anexando-lhe os frutos e rendas, como parte da dotação do "Mosteiro Novo".
Na sequência de tais uniões, a administração dos bens e rendas de Santa Maria de Vila Nova de Muía, associada à administração dos bens e rendas do Mosteiro de São Martinho de Crasto, foi entregue a procuradores gerais que a exerceram, ao longo dos séculos XVII e XVIII, por procurações de geral e livre administração, em nome dos priores e cónegos dos Mosteiros de Santa Maria de Refóios do Lima, do Padre Geral da Congregação de Santa Cruz de Coimbra, do vigário Presidente de Santo Teotónio de Viana, do prior do Mosteiro de Mafra.
Em 1769, tendo sido extinto o Mosteiro de São Teotónio de Viana, a administração dos bens de Santa Maria de Vila Nova de Muía foi dada ao Mosteiro de Santa Maria de Refóios de Lima, com obrigação de repartir o seu rendimento com o Colégio da Sapiência da cidade e Universidade de Coimbra.
Em 1770, foi extinto com mais nove mosteiros de Cónegos Regulares de Santo Agostinho da Congregação de Santa Cruz de Coimbra, situados na província do Minho, e com São Vicente de Fora de Lisboa, sendo os seus bens foram anexados ao Mosteiro de Mafra, para nele se desenvolverem os estudos, por breve de Clemente XIV e Beneplácito Régio, de 6 de Setembro de 1770, de que foi executor o cardeal da Cunha. A administração dos bens passou a ser exercida pelo Mosteiro de Mafra, como parte dos bens do Mosteiro suprimido de Refóios de Lima.
Em 1774, a venda do passal da igreja e a casa do extinto Mosteiro de Santa Maria de Vila Nova de Muía feita pelo Cardeal da Cunha a Francisco Pereira de Araújo e Lima, capitão de ordenança de Ponte de Lima e a sua mulher D. Rosa Maria Pereira, por escritura lavrada na Nota do escrivão Caetano José Dantas Barbosa, de Lisboa, em 5 de Fevereiro de 1774, foi anulada, em 1783, por sentença cível de reivindicação de bens de raiz para título e posse em forma do Auditório Eclesiástico de Braga, dada a favor de D. André da Anunciação, procurador geral do Mosteiro de Mafra. Foi-lhe dada posse da igreja, casas, propriedades e passal do extinto mosteiro, em 26 de Junho do mesmo ano.
Em 1793, a 13 de Agosto, D. Salvador da Encarnação, prior do Mosteiro de Santa Maria de Refóios do Lima, tomou posse dos passais, rendimentos e mais pertenças dos extintos Mosteiros de São Martinho de Crasto e de Santa Maria de Vila Nova de Muía, cabendo-lhe metade dos respectivos rendimentos e como seu administrador competia-lhe enviar a outra metade ao Colégio da Sapiência de Santo Agostinho, por determinação do Capítulo Geral de 1769, 9.ª sessão, e por alvará de 11 de Abril de 1780.
