O Mosteiro de São João Baptista de Tarouca era masculino e pertencia à Ordem de Cister.
Foi, provavelmente, o primeiro estabelecimento cisterciense em Portugal. Inicialmente, designado por São João de "Vellaria", já existiria em 1110, como cenóbio beneditino. As primeiras referências documentais que atestam a sua existência datam de 1140 e 1144, comprovando, a primeira, a observância dos costumes beneditinos na abadia e, a segunda, a observância dos costumes cistercienses. Reformado, pois, entre 1140 e 1144, pelos cistercienses de Claraval, o Mosteiro foi trasladado para um lugar mais próximo das margens do rio Varosa, e fundado como "ex-novo" o cenóbio de São João de Tarouca.
A primeira pedra foi lançada a 30 de Junho de 1152 e a igreja foi consagrada a 18 de Junho de 1169.
Isento da jurisdição episcopal desde 1163, o Mosteiro de São João Baptista de Tarouca fundou a abadia de Santa Maria de Ermelo e filiou as de Santa Maria de Fiães e de São Pedro das Águias. Para além destas o Mosteiro apresentava os abades de Santa Maria ou de Nossa Senhora da Natividade de Lalim (apresentação alternada dos Mosteiros de Salzedas e de Tarouca) e de São Pedro de Samodães, os curatos de Almofala em Castro Daire, de Santo Amaro de Alvite e de Mondim da Beira (apresentação alternada de Tarouca e de Salzedas), a reitoria de São João de Tarouca, e ainda os padroados das igrejas de Figueiró da Granja e de Martinhais.
Em 1160, D. Afonso Henriques entregou o povo de Alvite ao Mosteiro de Tarouca, sendo a posse confirmada, em 1163, pelo Papa Alexandre III, e coutou ao Mosteiro a vila de Oliveira, ficando o padroado da igreja a pertencer ao Mosteiro.
No século XIII, a abadia de Santa Maria de Aguiar, tornada portuguesa na sequência de uma rectificação de fronteira foi, também, confiada ao Mosteiro de Tarouca.
Em 1320, segundo o Catálogo das igrejas, mosteiros e comendas do Reino, São João de Tarouca, um dos mosteiros do bispado de Lamego com maiores rendimentos, foi taxado em 3500 libras.
Em 1436, a 30 de Abril, foram confirmados, por D. Manuel I, os privilégios do Mosteiro de Tarouca.
Como todos os outros mosteiros masculinos cistercienses, Tarouca foi administrado por abades comendatários. Em 1494, o comendatário Álvaro de Freitas, que então recebeu o cenóbio, restabeleceu o temporal e fez restituir as propriedades ao Mosteiro, conseguindo reequilibrar a sua situação financeira. A ordem disciplinar da comunidade permaneceu sem alterações e manteve-se o estado de vida desregrada.
Em 1496, a 13 de Maio, por carta de D. Manuel I, foram confirmados os privilégios outorgados pelos reis antecessores ao mosteiro de Tarouca.
Em 1511, a 15 de Janeiro, foram feitas inquirições sobre os foros e oitavos que os moradores de Mondim e Salzedas pagavam ao Mosteiro de Tarouca.
Em 1516, a 2 de Janeiro, por um conhecimento régio dirigido aos juízes e homens bons da vila de Sande, sobre a mercê do ofício de tabelião público e judicial concedida a Gomes Esteves, criado do abade do mosteiro de Tarouca, foi considerada a informação do abade do Mosteiro de Tarouca, segundo a qual, o Mosteiro possuía a referida vila e tinha o direito de apresentar tabelião, desde o reinado de D. Dinis.
Em 1533, o abade de Claraval iniciou a reforma de Tarouca. Em 1536, o infante D. Afonso, irmão de D. João III, e comendatário de Alcobaça, confiou-a a dois cisterciences do Mosteiro de "Piedra" em Aragão, que também tinham de visitar os mosteiros do reino.
Em 1543, por carta de 12 de Dezembro, D. Gaspar de Carvalho pediu a D. João III, que desse os Mosteiros de Seiça e de São João de Tarouca a frei Pedro de Aguiar. Nesse ano, D. João III, alegando a impossibilidade de restabelecer a observância em Tarouca, obteve do papa Paulo III a sua supressão juntamente com a dos Mosteiros de Santa Maria de Salzedas e de Santa Maria de Seiça. Os rendimentos e propriedades do Mosteiro foram entregues às ordens militares de Avis e de Cristo.
Em 1556, por carta de 6 de Julho, os vereadores da vila de Mondim, feudo do Mosteiro de Tarouca, desde a Idade Média, e da vila de Sever, informaram o rei sobre o prejuízo causado aos povos vizinhos de Tarouca, por falta de administração de sacramentos, em consequência da anexação do Mosteiro de São João de Tarouca ao Convento de Tomar, pois no Mosteiro permanecia apenas um sacerdote. Por carta de 9 de Julho do mesmo ano, a Câmara de Lamego dava a conhecer o estado de escândalo que afectava a população, em resultado da extinção dos Mosteiros de Santa Maria de Salzedas e de São João de Tarouca.
Em 1557, por carta de 3 Abril, o comendador-mor D. Afonso, foi informado o rei que frei Jerónimo de Aguilar tinha solicitado em Roma a união dos mosteiros de Santa Maria de Seiça, Santa Maria de Salzedas e São João de Tarouca.
Com a morte de D. João III em 1557, e pela bula "Hodie a nobis emanarunt littere" do papa Pio IV, dada em Roma, a 22 de Janeiro de 1560, foram anuladas as bulas que extinguiam os Mosteiros de Seiça e de São João de Tarouca e aplicavam as suas rendas ao Mosteiro de Nossa Senhora da Luz, da Ordem de Cristo, e ao Colégio de Coimbra. A bula confirmava a separação de alguns bens do Mosteiro de Tarouca a favor da Ordem de Cristo, restituía ao abade de Tarouca a sua dignidade anterior, passando a ser eleitos em capítulo provincial.
Em 1834, no âmbito da "Reforma geral eclesiástica" empreendida pelo Ministro e Secretário de Estado, Joaquim António de Aguiar, executada pela Comissão da Reforma Geral do Clero (1833-1837), pelo Decreto de 30 de Maio, foram extintos todos os conventos, mosteiros, colégios, hospícios e casas de religiosos de todas as ordens religiosas, ficando as de religiosas, sujeitas aos respectivos bispos, até à morte da última freira, data do encerramento definitivo.
Os bens foram incorporados nos Próprios da Fazenda Nacional.
