O Conselho da Fazenda foi instituído por Regimento em 20 de Novembro de 1591, que converteu num único os três tribunais do Reino, Índia, África e Contos, que então funcionavam separadamente. Esta reforma tinha como objectivo alcançar um maior rigor administrativo e uma maior celeridade no despacho das partes. O Conselho da Fazenda era composto por um vedor (que, cumulativamente, era o seu presidente), por quatro conselheiros e por quatro escrivães. O expediente encontrava-se distribuído por quatro repartições, sendo a primeira a do Reino e do Assentamento, a segunda a da Índia, Mina, Guiné, Brasil, ilhas de São Tomé e Cabo Verde, a terceira a das ilhas dos Açores e Madeira e dos Mestrados das Ordens Militares e a quarta a de África, Contos e Terças. O Conselho da Fazenda herdou, de um modo geral, as competências dos antigos vedores da Fazenda, expostas nos Regimentos e Ordenações da Fazenda, de 17 de Outubro de 1516 e que consistiam em arrendar, aforar ou emprazar todos os bens e rendas reais, no Reino e Domínios Ultramarinos, e fazer proceder aos respectivos pagamentos; dar assistência aos negócios da Índia e prover ao apresto das armadas; ordenar melhoramentos e reparos em lezírias, paços e fortalezas; vigiar toda a escrituração da contabilidade pública; decidir, por via voluntária ou contenciosa, todas as acções relativas a bens e direitos detidos ou contestados à Coroa; fazer proceder, por meio da elaboração de tombos, à descrição de todos os bens da Coroa; despachar todas as despesas do Estado com os seus funcionários, segundo critérios de direito vigente (estava excluído da sua competência o despacho de graças e mercês de bens reais). As amplas competências dos Conselho da Fazenda foram restringidas por várias reformas administrativas ao longo do séc. XVII, entre as quais se destacaram: a nova regulamentação da Casa dos Contos do Reino e Casa, exposta no Regimento dos Contos, de 3 de Setembro de 1627, que concedeu a esta instituição maior autonomia jurídico-processual nas acções de contabilidade pública; a criação do Conselho Ultramarino, por Regimento de 14 de Julho de 1642, que retirou ao Conselho da Fazenda toda a jurisdição sobre bens situados nos Domínios Ultramarinos (com excepção das ilhas dos Açores e da Madeira e dos lugares do Norte de África, que continuaram sob administração do Conselho da Fazenda); a criação, por Alvará de 18 de Janeiro de 1643, da junta dos Três Estados, à qual foi cometida a administração de importantes rendimentos, como os direitos da décima, do real da água, das caixas de açúcar e da Chancelaria-Mor da Corte e Reino. As competências do Conselho da Fazenda foram reformuladas por Lei de 22 de Dezembro de 1761, pela qual lhe ficaram atribuídas, a título exclusivo, as jurisdições voluntária e contenciosa sobre toda a natureza de bens da Coroa. Por Alvará de 17 de Dezembro de 1790, foi o Conselho da Fazenda reunido ao Erário Régio e com a criação e regulamentação da Secretaria de Estado dos Negócios da Fazenda, por Decretos de 15 de Dezembro de 1788 e de 8 de Outubro de 1812, ficou a sua esfera de competências cada vez mais confinada às de um tribunal superior fiscal. A estrutura interna do Conselho da Fazenda sofreu algumas alterações durante os sécs. XVII a XIX, quer como consequência da introdução de várias reformas administrativas quer da emergência de novas realidades económicas. Assim, com a criação do Conselho Ultramarino, ficou a Repartição da Índia, Mina, Guiné, Brasil, ilhas de São Tomé e Cabo Verde convertida na Repartição da Índia e Armazéns. Por Alvará de 25 de Agosto de 1770, foi extinta a Repartição de África, Contos e Terças, passando as suas competências para a Repartição das Ilhas e Mestrados das Ordens Militares. Por Decreto de 23 de Janeiro de 1804, fundiram-se as Repartições das Ilhas e Mestrados das Ordens Militares e da Índia e Armazéns, dando origem à Repartição da Índia e Ordens. Por Resolução de 30 de Outubro de 1824, foi criada a Repartição do Tombo Geral do Reino e por Decreto de 11 de Dezembro de 1830 foi criada a Repartição das Capelas da Coroa. O Conselho da Fazenda foi formalmente extinto pelo Decreto nº 22, de 16 de Maio de 1832, que se efectivou por Decreto de 31 de Julho de 1833, tendo-lhe sucedido o Tribunal do Tesouro Público.
