O Convento de Tomar, era masculino e pertencia à Ordem Militar de Cristo.
Em 1118, foi criada a Ordem do Templo, ou Ordem dos Pobres Cavaleiros de Cristo e do Templo de Salomão, na cidade de Jerusalém, inicialmente, para a protecção dos peregrinos que se deslocavam aos locais sagrados. A sua divisa era "Non nobis, Domine, non nobis, sed nomini Tuo ad gloriam...", do salmo 115, o que pode ser traduzido como "Não a nós, Senhor, não a nós, dai a glória ao Vosso nome...".
Em 1127, a Ordem do Templo entrou em Portugal, tendo recebido de D. Teresa a doação de Fonte Arcada, no Minho. Um ano depois, entregou-lhe o Castelo de Soure sob compromisso de colaborarem na conquista de terras aos mouros.
Em 1145, recebeu o Castelo de Longroiva, e dois anos depois, em reconhecimento da ajuda prestada a D. Afonso Henriques na conquista de Santarém, ficou responsável pelo território situado entre o Mondego e o Tejo, a montante de Santarém.
Em 1159, em Fevereiro, D. Gilberto, bispo de Lisboa doou-lhe a igreja de Santiago de Santarém e outras. Na mesma data, D. Afonso Henriques doou-lhe o castelo de Ceras com seu termo, em compensação das igrejas de Santarém.
A partir de 1160, os templários portugueses fixaram-se em Tomar e, em 1162, D. Gualdim Pais, Grão-Mestre da Ordem, fundou o Convento de Tomar.
Em 1206, em Abril, o bispo e cabido da Sé de Coimbra e a Ordem do templo fizeram uma composição pela qual a Ordem se obrigava a pagar, anualmente, 50 áureos pelas igrejas de Ega, Redinha, e Pombal e a dar procuração ao bispo quando este as fosse visitar pessoalmente.
Após a extinção da Ordem dos Pobres Cavaleiros de Cristo e do Templo de Salomão, autorizada pelo papa Clemente V, a pedido do rei de França, em 1310, em Frielas, a 14 de Abril, foi feito o tratado entre D. Dinis e o rei de Castela, para impedir que os bens da Ordem dos Templários fossem dados a estranhos aos respectivos reinos. D. Dinis mandou negociar, em Roma, a criação da uma nova ordem que o servisse e o ajudasse a defender o reino. O negócio foi cometido ao cavaleiro Lourenço e ao cónego de Coimbra, Pedro Pires, com procuração datada de 14 de Agosto de 1318.
Em 1319, foi instituída canonicamente a "Ordo Militiae Jesu Christi", Ordem da Milícia de Nosso Senhor Jesus Cristo, em Santarém, a 18 de Novembro, fundada pela bula "Ad ea ex quibus", de João XXII, datada de 14 de Março e ratificada pelo rei a 5 de Maio desse ano. Por ela, os direitos de visita e de correição foram entregues ao abade de Alcobaça, na medida em que seguiam a Regra de São Bento, na versão transmitida por Cister à Ordem de Calatrava. A referida bula autorizava ainda a incorporação na nova milícia, de Castelo Branco, Longroiva, Tomar, Almourol, e de todos os castelos, bens móveis e de raiz, direitos, jurisdições, honras, homens e vassalos que tinham pertencido à ordem suprimida. Ainda em 1319, a 26 de Novembro, D. Dinis mandou entregar à Ordem de Cristo todos os domínios que tinham pertencido à Ordem do Templo, que guardara como seu procurador. Desta forma, se transformou numa ordem nacional.
O primeiro mestre, Gil Martins do Outeiro, era mestre de Avis, tendo sido dispensado dos votos anteriores, e autorizado a professar na nova Ordem.
Em 1321, em Lisboa, nas casas que tinham pertencido à Ordem do Templo, fizeram-se os primeiros estatutos, confimados por D. Dinis, e, em 1326, foram elaborados os novos estatutos, confirmados por D. Afonso IV.
Seguiu-se o período de fixação no castelo de Castro Marim, que está relacionado com a missão de combate aos infiéis. Em 1357, a sede foi transferida para o Convento de Tomar.
Em 1407, por carta do mestre enviada aos almoxarifes e provedores das terras da Ordem de Cristo, foi ordenado que prestassem auxílio na demarcação das terras, herdades e possessões, bem como nas confrontações das mesmas e respectivos foros, registando-o em tombos, a depositar no Convento de Tomar.
De 1484 a 1521, D. Manuel, filho do infante D. Fernando e irmão do duque D. Diogo, regedores da Ordem de Cristo, governou a Ordem tomando medidas consideradas adequadas ao seu bom aproveitamento, sendo de referir o Capítulo Geral da Ordem de Cristo, de 14 de Outubro de 1503.
Ao longo do século XIV, foi-se consolidando a sujeição da Ordem aos interesses e ao serviço do rei, evidenciada no funcionamento institucional, e no seu envolvimento na guerra santa realizada em África e no Oriente, na direcção espiritual dos novos territórios descobertos e colonizados, que lhe foi confiada pelo Infante D. Henrique, em 1454, e na intervenção directa assumida por D. Manuel, governador e administrador perpétuo do Mestrado e Ordem de Cavalaria de Nosso Senhor Jesus Cristo, antes e depois de ser rei, como provam a representação da Esfera Armilar, do escudo de Portugal e da Cruz de Cristo, que iluminam o fólio 7 do Tombo dos bens, rendas, direitos e escrituras do Convento de Tomar. A intervenção directa do rei pode também ser documentada pelo Rol de peças e de obras enviado ao D. Prior do Convento de Tomar, copiado de um apontamento, provavelmente, escrito pelo rei, onde constavam indicações precisas sobre peças, paramentos, obras que o prior devia mandar executar no Convento de Tomar, a avaliação das casas dos moradores da cerca da vila para lhes serem construídas casas do mesmo valor em São Martinho, o encerramento das portas do Sol e de Almedina (esta de pedra e cal), os itens relativos ao frontal de prata, que devia ser feito de acordo com conversa anterior havida entre o rei e o prior, às cadeiras mandadas fazer para o sacerdote, diácono e sub-diácono, e ao que ficou por dar ao prior e freires. O rei concedeu-lhe numerosos privilégios, obtendo benefícios papais, destacando-se a criação das novas comendas, tornando-a proprietária de um património vasto, de bens e comendas situadas, maioritariamente, no centro e norte do país.
D. João III, 11.º rei de Portugal, foi o segundo administrador do mestrado da Ordem de Cristo, com posse tomada a 23 de de Julho de 1523; a esse facto se refere o fólio 115 do Tombo dos bens, rendas, direitos e escrituras do Convento de Tomar, iluminado com a inicial E (de «El rei» ) e cercadura onde sobressaem a Cruz de Cristo, o escudo de Portugal e a Esfera Armilar.
Em 1531, pela Bula «Exposcit debitum», dada em Roma, em São Pedro, a 30 de Junho, Clemente VII, confirmou a reforma realizada no Convento de Tomar por Frei António de Lisboa, concedendo-lhe poder para elaborar regras e estatutos (de parceria com outros padres jerónimos a quem o rei desse o seu consentimento) a serem aprovados pela Sé Apostólica, a jurisdição dos priores sobre os religiosos e sobre os cavaleiros (enquanto permanecesse no Convento), a presença dos religiosos jerónimos de que o reformador necessitasse.
A reforma impunha-se pela ausência de regra no modo de viver dos freires, porque o prior deposto não tinha a formação própria da Ordem, porque ao ser criada pelo papa João XXII não tinha recebido nem regra nem estatutos [?], e ainda, porque, Frei António, ao visitar a Ordem, verificara que os freires não usavam o hábito que lhes estava destinado.
Na sequência da mesma bula, impôs o hábito aos primeiros 12 noviços. O rei concedeu-lhe a jurisdição prelatícia no termo de Tomar.
Em 1551, pela bula "Praeclara clarissimi" do papa Júlio III, no reinado de D. João III, os Mestrados das Ordens Militares foram unidos à Coroa, anexando-os "in perpertuum", passando a ser administrados pela Mesa da Consciência e Ordens, criada em 1533.
