A Sé de Lisboa foi restaurada por volta do ano de 1150, após a reconquista da cidade aos mouros, sendo D. Gilberto de Hastings o primeiro bispo.
Em 1393, foi elevada à dignidade de Sé Arquiepiscopal, pela bula "In eminentissimae dignitatis" de Bonifácio IX, sendo seu primeiro arcebispo D. João Anes (1394-1402), e tendo como sufragâneas as sés de Évora, Guarda, Lamego e Silves.
Na sequência da criação da freguesia da Capela Real, em 1709, da sua elevação a colegiada sob a invocação de São Tomé, em 1710, pela bula «Apostolatus ministerio», de Clemente XI, de 1 de Março, de ter passado a gozar dos estatutos da sé de Lisboa, por Aviso de 11 de Dezembro de 1712, de ter sido elevada a igreja metropolitana e basílica patriarcal, sendo dedicada a Nossa Senhora da Assunção, pela bula «In supremo apostolatus solio» de Clemente XI, em 7 de Novembro de 1716, a cidade de Lisboa e o território da diocese foram divididos em duas partes: o patriarcado de Lisboa Ocidental com sede na capela régia, e o arcebispado de Lisboa Oriental, com sede na antiga sé de Lisboa. D. José Pereira de Lacerda, bispo do Algarve, foi o executor da bula áurea, e proferiu a sentença em 23 de Dezembro.
Em 1717, por alvará de 15 de Janeiro, D. João V dividiu o senado em dois.
Em 1717, a 5 de Junho, era delegado apostólico D. José Pereira de Lacerda, que decidiu passar várias dioceses de Lisboa Oriental para Lisboa Ocidental. Não era uma questão pacífica a divisão dos limites eclesiásticos.
Em 1718, a 5 de Fevereiro, era cardeal patriarca D. Tomás de Almeida. O cardeal patriarca de Lisboa era superior a todos os bispos e arcebispos, com precedência em todas as funções. O cabido de Lisboa Ocidental requereu estatutos próprios, que não foram feitos com a brevidade desejada, pelo que se propôs seguir os estatutos do cabido de Lisboa Oriental.
Em 1719, a 1 de Abril, o rei alegando a escassez do património da diocese Ocidental, beneficiou-a com 220 marcos de ouro anuais, pagos pelo tesoureiro do Conselho Ultramarino.
Em 1722, a 10 de Outubro, Inocêncio XIII, pela bula "Ad regmen Universalis Ecclesix", concedeu aos beneficiados da Patriarcal o uso de hábito prelatício de seda ou lã, quer no patriarcado quer em Lisboa Oriental. Este privilégio não chegou a ser posto em prática.
Em 1738, a 5 de Agosto, D. Manuel Lopes Simões, bispo eleito de Portalegre, determinou a aplicação dos bens eclesiásticos ao cabido patriarcal, ordenados por três documentos papais.
A 3 de Outubro, Clemente XII, pela bula "Praeclara charissimi", concedeu às dignidades e cónegos que tinham o uso da mitra e insígnias pontificais, o privilégio de oratório particular e altar portátil, em todo o país.
Em 1739, por carta de 14 de Março, D. Tomás de Almeida, aproveitando a concessão do aumento dos canonicatos e benefícios, criou na Patriarcal 72 canonicatos para outros tantos ministros de hábito prelatício, e mais 20 cónegos, 32 beneficiados e 32 clérigos beneficiados. Neste documento aparecem pela primeira vez mencionados os termos "excelentíssimos", "reverendíssimos", e "principais".
Em 1740, a 13 de Dezembro, Bento XIV, pela bula "Salvatoris nostri Mater", deliberou a união das duas dioceses, abolindo quanto ao governo eclesiástico as distinções anteriores, a antiga sé desapareceu, ficando reduzida ao título honorário de "patriarcal" sob a invocação de Santa Maria, e o cabido foi extinto.
Em 1741, com a execução da medida, a diocese foi fixada na nova Patriarcal.
Em 1742, a 17 de Novembro, os cónegos reunidos na antiga sé de Lisboa, recitaram em coro e pela última vez, o "Ofício". Nesse dia finalizava o seu título, hábito e residência.
Em 1746, foi inaugurada a nova Patriarcal.
Em 1747, a 30 de Maio, o patriarca D. Tomás de Almeida determinou que a administração da fábrica da Igreja fosse entregue a uma congregação, composta por cinco principais, que distribuiriam os pelouros anualmente e rotativamente, entre si. A penhora dos bens dos devedores à Patriarcal era feita pelo Real Erário, e corriam pela Contadoria-Geral do Território da Relação do Rio de Janeiro, África Ocidental e Ásia Portuguesa.
Em 1755, ruiu a antiga Capela Real, situada perto de São Julião, onde estava sediada a nova Patriarcal. Esta não chegou a ter instalações próprias, passando provisoriamente para Alcântara mas sucessivos incêndios fizeram com que transitasse para a Cotovia no Príncipe Real.
Em 1756, começou a construção do novo edifício no Príncipe Real.
Em 1769, em Março, na véspera do dia do Espírito Santo, o edifício ardeu por fogo ateado de noite, a uns papéis que se guardavam na casa das armações. O lugar ficou conhecido pelo nome de Largo da Patriarcal Queimada. Foi transferida para a Igreja de São Roque e depois para a Igreja do Mosteiro de São Bento da Saúde.
Em 1771, a 31 de Outubro, na véspera do dia de Todos os Santos, a Patriarcal ardeu, por fogo posto na casa onde se guardavam as armações, pondo em perigo o acervo da Torre do Tombo instalado em parte do edifício daquele Mosteiro. O autor do incêndio pretendia ocultar o roubo dos franjões das sanefas de um dossel de tela branca, que a Patriarcal tinha pedido emprestado à Basílica de Santa Maria.
Em 1772, a 5 de Janeiro, foi transferida para o edifício do Mosteiro de São Vicente de Fora, onde viria a deflagrar novo incêndio, desta vez ateado na Capela de Nossa Senhora do Pilar. Alexandre Franco Vicente, armador da Santa Igreja Patriarcal, exercia o seu ofício no qual estava provido, detinha a chave e era responsável pela administração de todas as armações da Igreja, bordadas e guarnecidas com franjas de ouro. Foi o autor dos incêndios ateados na Patriarcal quando estava na Cotovia, em São Bento da Saúde, e em São Vicente de Fora, para ocultar os roubos efectuados nas armações.
Em 1773, a 26 de Janeiro, foi condenado por sentença, a ser arrastado com baraço e pregão, preso à cauda de um cavalo, açoitado e conduzido ao sítio e largo da Cotovia onde, preso a um poste seria queimado vivo. Foi ainda condenado a restituir os roubos efectuados à Santa Igreja Patriarcal, a compensá-la pelas perdas e danos causados pelo terceiro incêndio, ao pagamento de duzentos mil réis para as despesas da relação e cativos e nas custas dos autos.
Em 1792, foi instalada na Capela Real da Ajuda.
Em 1821, a 25 de Outubro, na sessão das Cortes Constituintes, foi redigido um projecto de decreto sobre a extinção da Patriarcal, apresentado na sessão seguinte realizada a 15 de Novembro.
Em 1822, a 4 de Janeiro, e como solução provisória, as Cortes mandaram suspender todo o tipo de pagamento à Patriarcal. Aguardava-se que fosse apresentado um plano de reforma.
Em 19 de Agosto, o encarregado de negócios de Portugal em Roma, Carlos Matias Pereira, foi incumbido de pedir à Santa Sé a supressão da Patriarcal e a restauração do antigo arcebispado.
Em 1823, a 28 de Fevereiro, o papa Leão XII, defendeu junto do governo português a conservação da Sé Patriarcal.
Em 1834, por Decreto de 4 de Fevereiro, D. Pedro IV, extinguiu a Santa Igreja Patriarcal de Lisboa, tendo em conta o relatório da Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça, e restituiu à Basílica de Santa Maria Maior a categoria de Sé Arquiepiscopal Metropolitana da Província da Estremadura. Pelo art.º 5.º do mesmo decreto ficaram cometidos ao Cardeal Patriarca de Lisboa o usufruto das quintas e outros prédios anexos à Mitra de Lisboa, antes da fundação da extinta Patriarcal. Pelo art.º 10.º todos os bens de qualquer natureza pertencentes à extinta Patriarcal ou à Basílica de Santa Maria Maior foram incorporados nos Próprios dos Bens nacionais. As relações diplomáticas com a Santa Sé ficaram cortadas.
Em 1835, a 10 de Janeiro, foi remetida ao cardeal patriarca uma carta régia, acompanhada de dois decretos. A carta confirmava o decreto de 4 de Fevereiro, e ordenava a imediata colação e a instalação do novo cabido da sé metropolitana em 22 do mesmo mês, festa do mártir São Vicente, padroeiro de Lisboa, e determinava que no exercício das suas funções os capitulares usassem as mesmas vestes que os cónegos e beneficiados das outras catedrais do reino.
Em 1836, a 16 de Novembro, e em 1837, a 9 de Janeiro foram aprovados decretos para reorganização da Sé. As relações com a Santa Sé encontravam-se restabelecidas.
Em 1843, a 9 de Novembro, pela bula "Quamvis aequo" de Gregório XVI foram extintas a Patriarcal e a Basílica, sendo substituídas pela Sé Patriarcal, onde ingressaram todos os cónegos e beneficiados das antigas, em templo a designar pelo executor da bula, o cardeal Saraiva.
Em 1844, a 3 de Julho, o executor da bula instituiu a Patriarcal na Antiga Sé, com o título de Sé Patriarcal.