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O Mosteiro de Santa Maria de Cárquere era masculino e pertencia aos Cónegos Regulares de Santo Agostinho. A data da fundação do Mosteiro permanece incerta.Em 1099, a igreja terá sido reconstruída.O Mosteiro de Cárquere ficou sob a dependência do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra.Em 1146, morreu D. Egas Moniz de Ribadouro, deixando ao Mosteiro significativo legado em testamento. A remota origem do Mosteiro de Santa Maria de Cárquere propicia especulações quanto à sua edificação: na época período suevo-visigótica (séc. VI/VII), durante a reconquista cristã aos mouros (séc. IX-XI), a fundação do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra de Cónegos Regrantes de Santo Agostinho, em 1131.A lenda associa o Mosteiro de Santa Maria de Cárquere à cura do infante D. Afonso, futuro primeiro rei de Portugal. O Conde D. Henrique seria o responsável pela sua construção em agradecimento a Nossa Senhora de Cárquere pela cura realizada nas pernas de D. Afonso Henriques. Milagre que, segundo alguns historiadores, foi um meio de encobrir a verdadeira filiação D. Afonso Henriques.Em 1279, por bula do papa Nicolau III, os cónegos regulares que habitavam o Mosteiro, foram confirmados como imediatos à Sé Apostólica. No âmbito dos privilégios recebidos, foi-lhes dada a faculdade para elegerem o seu prior.Em 1511, por carta do papa Leão X, foi excomungado D. João, abade de São Salvador de Travanca, da Ordem de São Bento, por motivo de não querer largar e entregar o Mosteiro de Santa Maria de Cárquere a Francisco Suzarte, familiar do papa Júlio II, do qual recebera uma bula dando-lhe o Mosteiro em comenda, por morte de Diogo Coelho, prior de Cárquere.Em 1541, D. João III doou o Mosteiro de Santa Maria de Cárquere ao Colégio de Coimbra dos Padres da Companhia de Jesus.Em 1561, por breve do papa Pio IV, o cardeal D. Henrique anexou-lhe as rendas da mesa prioral, com a condição de não se reduzir o número de cónegos para a celebração do ofício divino. O Padre Mestre Simão, querendo ter um mosteiro em Lisboa, preferiu trocar Santa Maria de Cárquere pelo de Santo Antão, o Velho, da Ordem dos Cónegos de Santo Antão de França, que o bispo de Lisboa, D. Ambrósio Pereira, cónego regrante de Santa Cruz, tinha em comenda. O Padre Mestre Simão pediu ao rei que solicitasse ao núncio Aloísio Lipomano, a união do Mosteiro de Santo Antão à Companhia de Jesus. D. Ambrósio tomou posse do priorado-mor de Cárquere, reformou-o no espiritual e no temporal com o acordo do prior castreiro e dos seus cónegos, e para a reformação mandou vir dois cónegos de Santa Cruz, renunciando o priorado-mor no tesoureiro, D. António Nogueira, e confiando-lhe a união à Congregação. Recolheu-se no Mosteiro de Grijó, falecendo em 1559, e foi sepultado no Mosteiro de Cárquere, no lado esquerdo da capela-mor.Em 1561 com o falecimento de D. António Nogueira, o Mosteiro passou definitivamente para a posse dos Padres da Companhia de Jesus. Em 1576, o papa Gregório XIII mandou extinguir o Mosteiro de Santa Maria de Cárquere e aplicar as rendas da mesa conventual ao referido colégio. Mais tarde, seria instalado no Mosteiro um hospício para gente pobre.Em 1562, pela bula «Ad Apostolicae Dignitatis» do papa Pio IV, foram concedidos ao Colégio dos Jesuítas de Coimbra todos os benefícios e bens do Mosteiro de Cárquere, logo que vagasse o cargo de prior-mor.Em 1576, o papa Gregório XIII mandou extinguir o Mosteiro de Santa Maria de Cárquere e aplicar as rendas da mesa conventual ao referido colégio. Em 1578, por bula de Gregório XIII, foi confirmada a bula de Pio IV, ficando o Mosteiro de Cárquere e seus bens subordinados ao Colégio de Coimbra, com a condição de não se reduzir o número de dois cónegos para a celebração do ofício divino.
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Portugal, Arquivo da Universidade de Coimbra, acessível em http://www.uc.pt/auc/. Acedido em 21 de Fevereiro de 2007.Portugal, Torre do Tombo, Armário Jesuítico e Cartório dos Jesuítas.Portugal, Torre do Tombo, Cabido da Sé de Lamego.Portugal, Torre do Tombo, Chancelaria Régia, D. João II, liv. 1, f. 110.Portugal, Torre do Tombo, Corpo Cronológico, Parte I, mç. 9, n.º 66.Portugal, Torre do Tombo, Corpo Cronológico, Parte III, mç. 17, n.º 30.Portugal, Torre do Tombo, Gaveta 19, mç. 3 , n.º 34.Portugal, Torre do Tombo, Gaveta 19, mç. 4 , n.º 36.Portugal, Torre do Tombo, Gaveta 19, mç. 11 , n.º 22.Portugal, Torre do Tombo, Gaveta 19, mç. 12 , n.º 46.Portugal, Torre do Tombo, Gaveta 19, mç. 13 , n.º 47.Portugal, Torre do Tombo, Leitura Nova, liv. 7 (Livro 2 da Beira) f. 300.Portugal, Torre do Tombo, Memórias Paroquiais, vol. 9, n.º 142.