Por Alvará de 7 de Novembro de 1644, a Contadoria Geral da Guerra devia observar o Regimento dos Contos, sendo regulamentada pelo alvará de 29 de Agosto de 1645 - Regimento de Fronteiras, que cria a Vedoria Geral do Exército. À Contadoria Geral da Guerra cabia a justificação das despesas com as tropas, por cuja intervenção se faziam os pagamentos aos soldados, registando as despesas em livros próprios para o efeito. Nos livros da Contadoria Geral só se assentavam os soldos dos oficiais de Infantaria e Cavalaria, com o posto acima de capitão e desde que tivessem patente com assinatura régia. Sempre que os militares solicitassem, cabia ao contador geral dar as “fés de ofícios”, rubricadas pelo vedor geral, onde se declarava o dia em que o militar assentou praça, cargo e companhias em que serviu e tempo de serviço em cada uma delas. Juntamente com o vedor geral e pagador geral, o contador geral e seus comissários deviam estar presentes nas revistas de mostras para se saber a situação das gentes do Exército e verificar também o estado do armamento e equipamento bem como os mantimentos necessários. Desta forma, o vedor geral autorizava os pagamentos, o contador registava-os e o pagador distribuía o dinheiro. Na Contadoria Geral da Guerra, localizada na Corte, formava-se a conta e razão do dinheiro, fazenda e provisões que se gastavam e distribuíam às tropas. Existiam, assim, livros onde se assentavam os cavalos entregues ao Exército, outros para as armas entregues pelo almoxarife das armas; livros das armas entregues aos capitães para as suas companhias, livros de receita e despesa, no qual se carregava o dinheiro que estava em seu poder, declarando quem o entregava e por conta de quem o recebia; livros para a receita de cada almoxarife, que recebiam certidões ou ordens de despesa pela Contadoria e justificados pela Vedoria Geral. A Contadoria passava as certidões das contas do pagador geral, pagadores e almoxarifes que lhe remetiam as listas, livros, relações e mais papéis comprovativos de despesas. Por carta de Lei de 9 de Julho de 1763 é extinta e em sua substituição é criada a Tesouraria Geral das Tropas, para a qual são nomeados três Tesoureiros Gerais, um com residência em Lisboa, outro em em Elvas e outro no Porto, que supervisionam o emprego das
verbas atribuidas pelo Estado ao Exército aquartelado nessa àrea e prestava contas diretamente ao Erário.
