Com a publicação da Lei de 13 de Janeiro de 1773 a cobrança e arrecadação dos direitos reais foi, de início, um pouco confuso quer para as vilas de Castro Marim, Monte Gordo e Santo António de Arnilha. Facto pelo qual houve necessidade de acelerar a edificação de um novo edifício que fosse, digno de uma nova Vila Real, eficaz na boa arrecadação dos direitos reais nesta zona fronteiriça e piscatória. Não sendo de estranhar o facto dos "livro e mais trastes" da Alfândega de Castro Marim terem sido entregues a 7 de Outubro de 1774 à Alfândega de Santo António de Arnilha, antecipando-se ao Decreto 12 de Outubro do referido ano que extingue a Alfândega de Castro Marim e ordena que o despacho e todos os livros de arrecadação passassem para a "nova" Alfândega da Vila de Santo António de Arnilha (Vila Real de Santo António). Este Decreto ordenou ainda que o juiz que servira na de Castro Marim servisse agora na de Santo António de Arnilha. O Decreto de 19 de Outubro de 1774 estabelece, para esta "nova" Alfândega, o quadro de pessoal, nomeia os oficiais e atribui os correspondentes vencimentos e competências. Alguns dos funcionários da alfândega são-no também da portagem o que demonstra que a junção das duas casas fiscais não traria problemas no controlo comercial, pelo contrário foi benéfico uma vez que o rendimento proveniente do pescado estava impreterivelmente ligado. A lota era uma só e os rendimentos das vendas efectuadas pertenciam à portagem e à alfândega. O rendimento da portagem, maior do que da alfândega, resume-se à cobrança de direitos sobre o pescado de Castro Marim, Monte Gordo e Vila Real de Santo António, quer fosse despachado para o reino ou estrangeiro. O mesmo não se passava com a alfândega uma vez que do pescado despachado na lota só cobraria direitos para Mesa Grande quando, o referido pescado, se destinasse para o estrangeiro. Cabendo à alfândega cobrar sobre os mais géneros os restantes direito pertencentes à Mesa Grande, Consulado, Sal, Portos Secos e 2% da Fortificação. Esta proximidade de funções fez com que muitas das vezes se designasse este posto da Fazenda de "Alfândega e Portagem". A nova Alfândega de Vila Real de Santo António torna-se assim uma das mais importantes do Algarve. Isto até Dezembro de 1864 altura em que se procedeu à reforma das alfândegas.