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Esta série surge por portaria do desembargador Superintendente Geral do Contrabandos, António Joaquim de Pina Manique, de 24 de outubro de 1779.Caberia ao porteiro da Mesa dos Vinhos, José António dos Santos, juntar todas as portarias que fossem expedidas pelo Superintendente Geral dos Contrabandos para as diferentes repartições de que se compõem o Despacho das Sete Casas, tanto a respeito do governo económico das mesmas repartições, como a bem da arrecadação dos reais direitos, fazendo registar aquelas que ainda não existirem nas Mesas aonde deveriam ter o seu devido cumprimento. Desta feita o porteiro passaria a copiar autenticamente, por ordem cronológica, nestes livros, numerados, rubricados e com termos de abertura e encerramento da responsabilidade do superintendente geral. Estes livros deveriam ser conservados na gaveta do porteiro. O primeiro registo destes livros deveria ser o registo desta mesma portaria, por ter sido esta a que estabelece esta série de registos, seguindo-se com as resoluções do Conselho da Fazenda, como com as mais portarias que se tiver necessidade de expedir, para perfeita observância das sobreditas determinações. Para mais facilmente examinar os registos deveria nos mesmos livros proceder a formar índices de acordo com as matérias e repartições.A partir do livro segundo os registos passam a ter um resumo dos diplomas na margem dos mesmos. Nestes livros eram feitos, o registo de ordens, avisos, requerimentos, portarias, decretos, e as provisões e alvarás da arrematação dos contratos, com as condições estabelecidas. Arrematações essas dos contratos: Sisa das cavalgaduras; Sisa da Fruta; Sisa do Pelourinho e Adelas; Azeites; Portagem; Novo imposto dos azeites (por provisão da direção da Real Fábrica das Sedas e Obra de Águas Livres); Almoxarifado (Reguengo) de Algés; Vinhos desta cidade e seu termo; Sisa do pescado fresco; Almoxarifado do pescado seco; Consulado do Paço da Madeira (que compreende o consulado do pescado seco - 1816); Isenções das liberdades suprimidas pelo alvará de 15 de outubro de 1823; Sisa das carnes verdes; Donativo dos 4% do pescado seco.A partir de 27 de dezembro de 1833, a escrituração destes registos continuam a ser feitos em livros agora designados como do Registo das Ordens do Governo e Autoridades, adquirindo uma numeração própria. Os registos em si passam a ter um no topo a identificação da tipologia documental e identificação do assunto, seguindo o traslado do referido e seu eventuais anexos. Por decreto desta data é feita a nova organização da alfândega. Passando a ter uma Administração Geral com quatro repartições e estações subalternas. Para além destas passam a existir as Casas de Despacho nas portas de Lisboa (Santa Apolónia, Arroios, São Sebastião e Alcântara), as Posturas (Cabana da Fruta, Boavista e Bica do Sapato), os Registos (Beato e António; Sacavém; Alhandra; Bucelas; Tojal; Cachimbos; Venda do Pinheiro; Cabeça de Montachique; Ponte de Lousa; Lugar do Machado; Belas; Queluz - em 1835 passa para Ponte Pedrinha; Cruz Quebrada; Belém; Cacilhas.Verificamos que com as alterações que esta alfândega foi sofrendo ao longo dos tempos nestes livros continuou-se a proceder ao registos dos diplomas sobre os descaminhos, apreensões, regulamentos, orçamentos, mapas, contratos, sisa, décima, isenções de direitos, despachos livres, ordenados, licenças, suspensões, nomeações, transferências, feiras, talhos, fábricas, informações, esclarecimentos e requerimentos.
