Custodial history
Após a extinção da Alfândega, a documentação foi entregue à Repartição da Fazenda do Funchal, sendo posteriormente ordenada a sua incorporação no Real Arquivo, por Portaria do Ministério do Reino de 9 de junho de 1886.Em 2012, foram analisados, avaliados e comparados os conteúdos do inventário L610, o Guia Geral dos Fundos da Torre do Tombo, vol. IV, e o catálogo em linha disponível.Verificou-se que a Alfândega do Funchal se encontrava como subfundo nos dois primeiros instrumentos de descrição e como fundo e subfundo no catálogo em linha.Foi necessário tomar uma decisão quanto ao registo e o nível de descrição a optar. Em 2006, o fundo, autónomo da Provedoria foi o registo escolhido para receber o nome do produtor. Sendo assim, o subfundo no catálogo em linha, foi suprimido da estrutura da Provedoria e Junta da Real Fazenda do Funchal.Esta revisão de conteúdos implicou a eliminação de 13 registos repetidos na Provedoria e na Alfândega, aos níveis do subfundo, da secção, da subsecção, da série e da unidade de instalação. Foram actualizados os códigos de referência de acordo com os critérios actuais de descrição arquivística. No caso das secções e subsecções, as siglas foram substituídas pela codificação alfabética. Foram também corrigidos cinco códigos de referência da Alfândega do Funchal que se encontravam inseridos erradamente na estrutura e rectificadas as respectivas cotas actuais que estavam como sendo da Provedoria.Os livros com as cotas antigas, de seguida discriminadas, passaram do fundo "Provedoria e Junta da Real Fazenda do Funchal" para a "Alfândega do Funchal". As cotas actuais dos mesmos devem ser consultadas nos respectivos registos.São os livros 1 a 39, 42 a 49, 54, 55 a 60, 66, 67, 70, 73, 74, 77, 78, 80, 82, 83, 85, 88, 90, 93, 95, 97, 99, 101, 104, 107, 110, 111, 116, 117, 120, 146 a 156, 158, 159, 162, 164 a 166, 168, 171, 174, 175, 177, 179, 182, 183, 185, 186, 189, 191, 193, 194, 196, 198, 200, 202, 205 a 207, 209, 210, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 227, 229, 231, 234, 236, 241, 242, 245 a 247, 249, 251, 253, 255, 258, 260, 262, 264, 266, 267, 270, 272 a 275, 277, 284, 285, 295, 296, 299, 301, 303, 310, 313, 317, 320, 322, 324, 325, 327, 329, 330, 333, 334, 336, 339, 340, 343, 345, 347, 349, 350, 352, 355, 356, 358, 360, 362, 364, 365, 367 a 387, 397, 398, 430, 953 a 955, 956, 1633 a 1636.