Sob a designação Investigação Histórica, o Padre Fernando Augusto da Silva fez importantes estudos sobre o povoamento e história do Arquipélago da Madeira, que foram publicados em jornais e livros A secção arquiva também apontamentos e vários volumes manuscritos com estudos sobre os eclesiásticos e diversas instituições da Diocese do Funchal que tinham como objectivo uma publicação intitulada "História da Diocese do Funchal". Estes estudos serviram de suporte a outros investigadores. Assim, a secção Documentos para a História arquiva não só apontamentos, transcrições e traduções, mas também publicações em jornais e livros. A secção Investigação Histórica divide-se nas cinco séries seguintes: Documentos para a História de Portugal; A História no Arquipélago da Madeira; Cristóvão Colombo; Diocese do Funchal e Sé Catedral do Funchal. Curiosamente, o documento mais antigo deste fundo - uma quitação de 1646 - não se enquadra na tipologia geral do arquivo.