O Mosteiro de Santa Maria de Refóios de Lima era masculino, pertencia aos Cónegos Regulares de Santo Agostinho até ser unido à Congregação de Santa Cruz de Coimbra.
Foi fundado cerca de 1094 por Mendo Afonso e pelo seu pai Afonso Ansemondes. Em 1154, os fundadores cederam à comunidade de cónegos regrantes que aí se estabelecera todos os seus direitos sobre o mosteiro e igrejas anexas. Mendo Afonso doou-lhes o seu palácio e condado e esta doação foi confirmada por D. Afonso Henriques. Em 1154, o bispo de Tui, D. Paio, isentou o mosteiro e as respectivas igrejas anexas e, em 1163, o papa Alexandre III, pela bula "Desiderium Quod", fê-lo imediato à Santa Sé.
Em 1258 o mosteiro era do padroado real. Manteve uma boa situação económica, como prova a quantia de 700 libras em que foi taxado no Catálogo das igrejas, comendas e mosteiros de 1320, distanciando-se significativamente dos restantes mosteiros do bispado de Tui situados em território português.
Em 1564, D. Julião de Alva, bispo de Miranda e comendatário de Refóios, deu poder ao Prior de Santa Cruz para iniciar a reforma do Mosteiro, enquanto não chegasse a autorização papal para o incorporar à Congregação de Santa Cruz de Coimbra. O Mosteiro encontrava-se então quase em ruína.
Em 1565, a 13 de Novembro, na sequência da concessão do Papa Pio IV ao rei de Portugal, do padroado dos mosteiros do reino, por alvará do Cardeal Infante foi autorizada a reforma e redução à Ordem e regra dos Cónegos reformados do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra e união e incorporação perpétua do Mosteiro de Santa Maria de Refóios de Lima.
Em 1565, por alvará de 13 de Novembro, e por bula de Pio V, dada em 17 de Janeiro de 1566, os Mosteiros do Salvador de Moreira, do bispado do Porto, de Santa Maria de Landim e de Santa Maria de Refóios do Lima, do arcebispado de Braga, foram reformados na Ordem do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra e incorporados na respectiva Congregação, sendo-lhes confirmados todos os privilégios apostólicos, jurisdições eclesiástica e secular e as doações régias.
Em 1567, o prior de Santa Cruz e geral da Congregação, D. Jorge, tomou posse do Mosteiro de Santa Maria de Refóios do Lima pelo procurador-geral da Congregação; a respectiva bula papal foi expedida em 1572.
D. Teotónio foi o primeiro prior trienal eleito e tomou posse das igrejas anexas, ermidas e oratórios, bens, propriedades e isenções do Mosteiro
Em 1612, o Capítulo Geral de 17 de Maio, uniu o Mosteiro de S. Martinho de Crasto e Santa Maria de Vila Nova de Muía ao Mosteiro de Santa Maria de Refóios de Lima, por 9 anos, no âmbito da faculdade dada pela Bula "Quaecumque ad Religiosorum commodum" de Clemente VIII, dada em Roma a 16 de Junho de 1601. A união incluía o benefício dos rendimentos e a apresentação dos curas e vigários perpétuos dos mosteiros anexados.
A faculdade para nomear uma pessoa que em nome dos religiosos do Mosteiro de Santa Cruz e dos demais da sua Congregação, procedesse executivamente contra os devedores dos reguengos, direitos reais e rendas, como faziam os contadores da Fazenda para as dívidas à Fazenda Real, fundamenta a nomeação feita pelo prior de Refóios do Lima ao juiz de fora de Ponte de Lima, para assistir ao Mosteiro em todas as causas de execução, em 23 de Junho de 1728.
Em 1742, a 30 de Janeiro, D. João V concedeu ao Mosteiro a assistência do procurador da coroa, em funções no distrito da Relação e Casa do Porto, para as causas que movesse contra os que possuíam bens situados no seu couto e cujo domínio directo lhe era negado.
Os bens - pratas, ornamentos, alfaias, livraria - do Mosteiro de São Teotónio de Viana, extinto em 1767, foram mandados depositar no edifício de Refóios de Lima.
Em 1770, foi feito inventário do extinto Mosteiro de Santa Maria de Refóios de Lima para ser unido ao Real Mosteiro de Mafra, em virtude da Bula de Clemente XIV e do beneplácito régio de 6 de Setembro daquele ano, de que foi executor o cardeal da Cunha. Por carta deste, datada do Palácio da Junqueira, de 15 de Setembro, mandava-se pôr em sequestro geral todos os bens do Mosteiro e fazer o seu inventário de acordo com o formulário proposto, ficando os bens sob custódia e confiados a diferentes depositários.
Em 1792, a bula "Expositum nobis" concedida pelo papa Pio VI, em 3 de Abril, a instâncias da Rainha D. Maria I, foi executada por 3 sentenças de D. José Maria de Melo, bispo do Algarve e Inquisidor Geral, nomeado Juiz Comissário e Delegado para proceder com todas as faculdades apostólicas, recebendo também beneplácito régio. A primeira, dada em Lisboa a 10 de Maio de 1792, mandou remover os Cónegos Regrantes do Mosteiro de Mafra para outros mosteiros da sua Congregação, restituindo-o aos religiosos da Província da Arrábida da Ordem dos Frades Menores, e estabeleceu que a união e distribuição dos mosteiros extintos, cujas rendas tinham estado unidas a Mafra, se fizesse em benefício dos que continuassem a existir, restituiu-lhes os mosteiros extintos de São Vicente de Fora, de Grijó e provisionalmente o de Refóios de Lima, e aplicou os rendimentos dos outros a usos pios.
Em 1793, a 13 de Agosto, D. Salvador da Encarnação, prior do Mosteiro de Santa Maria de Refóios do Lima, tomou posse dos passais, rendimentos e mais pertenças dos extintos Mosteiros de São Martinho de Crasto e de Santa Maria de Vila Nova de Muía, cabendo-lhe metade dos respectivos rendimentos, com a obrigação de enviar a outra metade ao Colégio da Sapiência de Santo Agostinho, por determinação do Capítulo Geral de 1769, 9.ª sessão, e por alvará de 11 de Abril de 1780.
Em 1794, a segunda sentença, dada a 1 de Julho, mandou distribuir e aplicar os bens e rendimentos dos mosteiros extintos, que tinham estado unidos ao extinto mosteiro de Mafra, ou aplicados a outros fins. A terceira sentença, dada a 24 de Dezembro, estabeleceu os mosteiros que deviam constituir a Congregação dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho: Santa Cruz de Coimbra, São Vicente de Fora de Lisboa, Salvador de Grijó, Santo Agostinho da Serra, Santa Maria de Refóios de Lima e o Colégio da Sapiência de Coimbra, restituídos "in integrum" ao estado regular e conventual, com todos os bens, rendimentos, privilégios, isentos e padroados de que eram possuidores ao tempo da sua extinção. Estabeleceu o número prefixo de cónegos em cada um, num total de 230, exceptuando os inválidos, bem como o número de conversos e as sanções para os piores gerais infractores.
Em 1834, no âmbito da "Reforma geral eclesiástica" empreendida pelo Ministro e Secretário de Estado, Joaquim António de Aguiar, executada pela Comissão da Reforma Geral do Clero (1833-1837), pelo Decreto de 30 de Maio, foram extintos todos os conventos, mosteiros, colégios, hospícios e casas de religiosos de todas as ordens religiosas, ficando as de religiosas, sujeitas aos respectivos bispos, até à morte da última freira, data do encerramento definitivo.
Os bens foram incorporados nos Próprios da Fazenda Nacional.